양도소득세 장기보유특별공제, 2028년부터 거주기간이 기준

집을 10년 가지고 있었어도 그 집에 2년만 살았다면 2028년부터 양도소득세 공제가 줄어들 전망입니다. 지금까지 보유기간 하나만 보던 장기보유특별공제가 거주기간 중심으로 다시 짜이기 때문입니다.

같은 조건이라도 언제 파느냐에 따라 세금 차이가 크게 벌어질 수 있어, 구조를 미리 알아두는 편이 좋습니다.

재정경제부가 2026년 세제개편안에 담은 이 내용을 정리했습니다.

이 글은 재정경제부가 2026년 8월 3일 발표한 2026년 세제개편안을 기준으로 합니다. 국회 심의 과정에서 내용이 달라질 수 있습니다.

지금의 장기보유특별공제, 무엇이 문제였나

집을 오래 가지고 있으면 양도소득세에서 공제를 받습니다. 지금까지는 토지, 건물, 조합원입주권을 가리지 않고 하나의 장기보유특별공제로 묶어서 계산했습니다. 보유기간만 길면 거주 여부와 관계없이 공제받을 수 있는 구조였습니다.

개편안은 이 제도를 주택 중심의 장기거주 소득공제와, 토지·건물(주택 외)·조합원입주권을 위한 장기보유 소득공제(신설)로 나눕니다. 주택이나 관리처분계획인가 전 조합원입주권을 팔 때는 장기거주 소득공제가, 그 외 토지나 건물을 팔 때는 장기보유 소득공제가 적용됩니다. 다만 토지·건물 쪽 공제율 변경 내용은 상세본에 나와 있지 않습니다.

1세대 1주택자, 공제율이 거주기간 중심으로

양도차익에 공제율을 곱해 공제액을 계산하는 방식과, 양도가액 12억원을 넘는 부분만 공제 대상이 되는 것, 3년 이상 보유하고 2년 이상 거주해야 한다는 기본요건은 그대로 유지됩니다. 달라지는 것은 공제율의 구성입니다.

지금은 거주기간과 보유기간에 각각 연 4%씩 붙어 최대 40%씩, 합쳐서 최대 80%까지 공제받습니다. 개편안은 이 비중을 거주 쪽으로 옮겨 갑니다. 2028년에는 거주 연 6%(최대 60%)에 보유 연 2%(최대 20%)를 더하고, 2029년부터는 보유공제 없이 거주 연 8%(최대 80%)만 남습니다. 합산 최대 공제율 80%는 세 시점 모두 같습니다.

문답자료에 실린 사례를 옮겨 보면 방향이 뚜렷합니다. 양도가액 32억원, 취득가액 12억원, 10년 보유·2년 거주한 1세대 1주택을 가정하면 총 공제율이 2027년 48%에서 2028년 32%, 2029년 16%로 낮아집니다. 공제액은 6억원에서 4억원, 2억원으로 줄고, 기본공제 250만원을 적용한 산출세액은 2억 3,600만원에서 3억 2,000만원, 4억 500만원으로 늘어납니다.

반대로 거주기간이 길면 유리해집니다. 2028년 기준으로 10년 보유·10년 거주라면 보유 20%에 거주 60%를 더해 80%가 되지만, 15년 보유에 5년 거주라면 보유 20%에 거주 30%를 더한 50%에 그칩니다.

다주택자 주택은 어떻게 달라지나

다주택자가 가진 주택도 계산방식과 3년 이상 보유 요건은 그대로입니다. 지금은 거주공제 없이 보유공제만 연 2%(최대 30%) 붙습니다. 2028년에는 2년 이상 거주하면 거주공제 연 2%(최대 30%)와 보유공제 연 1%(최대 15%) 중 높은 쪽을 적용하고, 2029년부터는 거주공제 연 2%(최대 30%)만 남습니다.

살지 않은 주택이라면 2028년에 보유공제율이 연 1%(최대 15%)로 절반이 되고, 2029년부터는 적용할 공제가 남지 않습니다. 다주택자가 조정대상지역 주택을 팔 때 지금도 장기보유특별공제를 받지 못하는 것처럼, 새로 생기는 거주공제 역시 배제된다고 문답자료에 적혀 있습니다.

공제받을 수 있는 금액에도 한도가 생깁니다

지금까지 장기보유특별공제에는 금액 한도가 없어, 공제율만큼 계산된 금액을 제한 없이 공제받았습니다. 개편안은 인별 연간 한도와 양도 물건별 한도를 새로 둡니다. 2028년에는 각각 20억원, 2029년 이후에는 각각 10억원입니다. 두 한도는 각각 적용되며, 물건을 공동소유하거나 나눠서 팔 때는 지분 비율이나 분할양도 비율에 따라 안분합니다.

한도가 걸리면 공제율이 최대치여도 받는 금액이 줄어듭니다. 문답자료 사례로, 양도가액 75억원·취득가액 25억원인 1세대 1주택을 10년 보유·10년 거주해 총 공제율이 세 시점 모두 80%인 경우를 보면, 공제액은 2027년 33억 6,000만원에서 2028년 20억원, 2029년 10억원으로 줄어듭니다. 기본공제 250만원을 적용한 산출세액은 3억 1,600만원에서 9억 2,300만원, 13억 7,300만원으로 늘어납니다.

네 가지 변화는 모두 2028년 1월 1일 이후 양도하는 분부터 적용되며, 상세본에 별도의 경과조치는 나와 있지 않습니다.

정리

2027년 12월 31일까지 양도하면 지금의 공제율과 한도 없는 공제가 그대로 유지됩니다. 보유기간과 거주기간이 각각 몇 년인지, 공제액이 한도에 걸리는지에 따라 세부담이 크게 달라질 수 있으니 본인 상황부터 확인해 보시기 바랍니다.

구체적인 상황별 검토가 필요하시면 상담으로 문의해 주시길 바랍니다.