등록임대 아파트 중과배제, 2027년 말부터 단계적으로 사라집니다

임대의무기간이 끝나 등록이 자동으로 말소된 조정대상지역 매입임대 아파트는, 지금까지 팔 때 다주택자 중과세율을 적용받지 않았습니다. 이 중과배제가 2027년 말과 2028년 말을 지나며 단계적으로 사라질 예정이고, 정부 사례로는 같은 집이라도 2027년에 팔면 약 0.9억원, 2029년에 팔면 약 3.2억원까지 세액이 벌어집니다.

이 글은 재정경제부가 2026년 8월 3일 발표한 2026년 세제개편안을 기준으로 합니다. 중과배제와 법인세 추가과세 배제 기한은 시행령 개정 사항이라 정부가 확정합니다. 2028년 완화 특례는 조세특례제한법 신설이라 국회 심의에서 달라질 수 있습니다.

지금까지 중과배제가 유지돼 온 구조

2020년 8월 민간임대주택법이 바뀌면서 8년 장기일반매입임대주택 중 아파트와 4년 단기민간임대주택 유형이 사라졌습니다. 이 유형으로 등록된 집은 임대의무기간이 끝나는 날 자동으로 등록이 말소되고 재산세 감면과 종합부동산세 합산배제도 함께 끝나지만, 양도소득세는 사정이 달랐습니다. 소득세법 시행령이 자동말소된 집도 임대의무기간이 끝난 날 임대기간요건을 갖춘 것으로 봐서, 말소 뒤에도 중과배제가 그대로 이어져 왔습니다.

중과배제가 붙으면 조정대상지역 주택을 팔아도 중과세율(1세대 2주택 +20%p, 3주택 이상 +30%p) 대신 기본세율(6~45%)로 과세됩니다. 법인이 보유한 경우도 양도소득에 20%를 더 매기는 법인세 추가과세 대상에서 빠져 있었습니다. 장기보유특별공제도 요건을 채우면 임대기간 중 양도차익에 50%를 적용받아 왔습니다.

장기보유특별공제 우대 요건	내용
임대료 인상률	5% 이내
주택 규모	국민주택규모 이하
임대개시일 기준시가	6억원 이하, 비수도권 3억원 이하

2027년 말이 첫 번째 기한입니다

개편안이 손대는 대상은 임대의무기간이 끝나 자동말소된, 조정대상지역에 있는 4년 단기 또는 8년 장기 매입임대 아파트로 한정됩니다. 개인이 가진 경우 2027년 12월 31일 이전 양도분까지만 중과배제를 적용받고, 법인도 같은 방식으로 2027년 12월 31일 이전 양도분까지만 추가과세 배제를 적용받습니다. 지방저가주택이나 장기어린이집 같은 나머지 제외·배제 대상은 그대로 유지됩니다.

2028년에는 세율이 절반만 완화됩니다

2028년 한 해에만 적용되는 과세특례도 새로 생깁니다.

특례 내용	개정안
중과·추가과세 세율	절반만 적용
개인	2주택 +10%p, 3주택 이상 +15%p를 기본세율에 가산
법인	10%를 법인세로 추가 과세
장기보유특별공제율	임대기간 중 양도소득에 30% 적용(현행 우대공제율 50%)
적용기간	2028년 1월 1일부터 12월 31일까지 양도분

세 시기를 합치면 다음과 같습니다.

양도 시기	양도소득세 중과	법인세 추가과세	장기보유특별공제 우대
2027년 12월 31일 이전	중과배제	추가과세 배제	50%
2028년 1월 1일~12월 31일	2주택 +10%p, 3주택 이상 +15%p	10%	30%
2029년 1월 1일 이후	2주택 +20%p, 3주택 이상 +30%p	20%	우대 배제

세액으로 보면

정부 문답자료는 2018년 취득·등록·임대를 시작해 2025년 말 의무임대가 끝나 자동말소된 조정대상지역 매입임대 아파트(취득가액 6억원, 양도가액 11억원, 양도차익 5억원, 그중 임대기간 중 양도차익 4억원)를 가정한 사례를 싣고 있습니다. 같은 집을 2027년 6월에 팔면 산출세액이 약 0.9억원, 2028년 6월에 팔면 약 1.7억원, 2029년 6월에 팔면 약 3.2억원입니다. 정부가 제시한 가정 위에서 나온 숫자이며, 실제 세액은 취득가액과 보유 주택 수, 다른 소득에 따라 달라집니다.

내 기산일은 언제부터 세야 하나

중과배제 기한 설정과 법인세 추가과세 배제 기한 설정은 2026년 10월 1일 이후 양도분부터이며 2026년 중 개정될 예정이고, 2028년 완화 특례는 2028년 1월 1일 이후 양도분부터 적용됩니다. 중과배제가 끝나는 날은 원칙적으로 2027년 12월 31일이지만, 2027년 1월 1일 기준 의무임대가 진행 중이거나 조정대상지역으로 새로 지정되거나 재건축·재개발이 진행 중이면 그중 가장 늦은 날이 기산일이 되고, 그 날부터 1년까지의 양도분에 중과배제와 추가과세 배제가 적용됩니다. 2028년 완화 특례도 같은 방식으로 밀려서, 가장 늦은 기산일부터 1년이 지난 뒤 2년 이내의 양도분에 적용됩니다. 조정대상지역 안이라도 다세대·연립주택 같은 비아파트, 조정대상지역 밖의 아파트, 건설임대와 공공지원 임대주택은 이번 개편의 영향을 받지 않고 중과배제가 계속 유지될 예정입니다.

정리

원칙적인 첫 기한은 2027년 12월 31일이지만, 의무임대가 진행 중이거나 조정대상지역 신규 지정, 재건축 사정이 있으면 본인의 기산일부터 다시 세야 합니다. 개인과 법인 모두 대상이라 법인 명의로 보유하신 경우도 함께 확인해 보셔야 합니다.

구체적인 상황별 검토가 필요하시면 상담으로 문의해 주시길 바랍니다.